Le microbiote

Incroyable combinaison du vivant que nous sommes !

Un peu d'histoire   🧐

Comme expliqué dans l'article sur les relations du vivant, la vie sur terre est faite de relations intimes et vitales entre différents individus.

Décrit aussi dans l'article sur l'introduction à l'histoire et aux origines des plantes, nous sommes issus tous d'un ancêtre commun appelé "LUCA", lui même surement issu d'un autre ancêtre pour l'instant non rencontré, ou non identifié. Ces êtres unicellulaires ont eu besoin de s'allier à d'autres êtres unicellulaires pour pouvoir entreprendre de coloniser la terre ferme et franchir l'ensemble des défis terrestres que cela impose. L'exemple parlant est celui expliquant, le jour ou un organisme unicellulaire photosynthétique (capable d'effectuer la photosynthèse pour se fournir son énergie) a été assimilé par un autre être unicellulaire plus gros, mais cette fois-ci au lieu d'être digéré, il aura était protégé et conservé en symbiose avec son hôte. Les deux partenaires bénéficiant ensuite de nombreux avantages et de quelques inconvénients.

Tout cela nous indique l'origine de notre microbiote ainsi que son intérêt.

Mais allons voir cela de plus prêt !

Où se trouve t'il dans notre corps ?  🔎

Notre microbiote est présent partout sur et dans notre corps ; maintenant il est présent en grande quantité dans certaines régions particulièrement

• Principalement au niveau de notre colon

• Puis dans l'intestin grêle

• Enfin au niveau du circuit de la digestion, des orifices tels que les oreilles, narines... et les parties génitales et excrétrices (urètre, aisselles...).

• Et bien-sûr sur l'ensemble de notre épiderme corporel.

Dans tous nos échanges avec l'environnement nous sommes sans cesse entrain de partager des milliers voir des milliards de bactéries de toutes sortes ! Et c'est plutôt une très bonne chose, car cela permet de créer un équilibre au sein de notre propre microbiote !

Phylums (embranchements) du Règne Bacteria (bactéries connues) ?  🦠

• Les Bacillota (anciennes Firmicutes) : ils sont hétérotrophes, saprophytes et ubiquitaires (qui sont présent un peu partout à la fois) ; ils tirent leur énergie de la respiration et de la fermentation des matières alimentaires. Il en existe un grand nombre avec des propriétés physiologiques et des habitats très variés. Certains d'entre eux sont capables de fabriquer des substances anti-biotiques... Bacilles ou Bacillota vient de "Bacillus" désignant "un bâtonnet, une baguette". Ce sont des bactéries à Gram positif.

• Bacteroidota (anciennes Bacteroidetes) : ils sont anaérobiques et sont des bacilles à Gram négatif les plus répandues. On les retrouvent surtout dans le côlon et dans les selles. Ils sont très sensibles à l'action de la bile sur leur croissance. Ces bactéries anaérobies contrairement à leurs semblables peuvent être facilement résistantes à la pénicilline (toxine anti-biotique sécrété par certaines moisissures). Les régimes riches en protéines et graisses animales sont ceux qui permettent le plus l’installation de ces fameuses Bactéroïdes.

• Actinomycetes (anciennes Actinobacterias) : C'est une classe de bactéries filamenteuses à Gram positif. C'est encore un embranchement d'êtres vivants, qui ont choisi de vivre en relations symbiotiques, mutualistes ou commensales (plantes, champignons, animaux, êtres humains...) plutôt que de conserver leur liberté. Elles sont saprophytes (se nourrissent de matières mortes ou en décomposition). Ce sont aussi les fameuses bactéries associées aux Légumineuses et autres plantes fixatrices d'azote ! Certaines sont anaérobies bien qu'une majorité soient aérobies.

• Pseudomonadota (anciennes Proteobacterias) : Proteobacteria vient du Grec "Protée" qui désigne un "dieu capable de changer de forme" en lien avec la diversité de bactéries regroupées dans cet ensemble. Vaste embranchement de nombreuses bactéries, appelées dans le passé bactéries pourpres/proches. On y retrouve des bactéries capable de fixer l'azote et de s'allier à ses hôtes ; des bactéries comme l'exemple des mitochondries de nos cellules, capable de produire de l'ATP (Adénosine triphosphate), qui seraient en réalité des traces de protéobactéries symbiotiques à l'être humain. Vous l'aurez compris cet embranchement est caractérisé par sa grande diversité de bactéries de toutes sortes et capables de nombreuses activités ! 

• Autres phyla : Beaucoup, beaucoup... (champignons, levures...)

Infos de base  🤯

• L'intestin d'un humain adulte, abrite environ 1kg de bactéries actives sur une surface développée de 32m2 (villosités et microvillosités). 

• Dans un article paru dans "l'American Journal of Clinical Nutrition" en 1972, le nombre de cellules microbiennes a été estimé à 10 fois le nombre de cellules humaines. Soit cent mille milliards de micro-organismes (10 puissance14). 

• De plus le nombre de gènes du microbiote (métagénome), est 150 fois plus important que celui du génome humain (22 000), pour 3,3 millions pour le microbiome intestinal (lieu de vie du microbiote).

• L'intestin en contact régulier avec l'alimentation et le microbiote (deux éléments allogènes), n'en retire pourtant que des avantages avec une immunité forte aux pathogènes ainsi qu'un nombre d'actions anti-inflammatoires évités dans ce même milieu. On en déduit donc une alliance saine entre les protagonistes.

• L'alimentation influe fortement sur le microbiote. Chez nos ancêtres chasseurs-cueilleurs (surtout dans les environnements aux saisons marquées), le microbiote du tube digestif (et peut-être de la peau) devait évoluer saisonnièrement avec des profils bactériens, s'adaptant aux saisons sèches et humides ; ensuite l'hypothèse est que l'expansion de l'agriculture l'a probablement stabilisé 

Une hypothèse 

Cette hypothèse a été récemment confirmée en 2017 par l'étude du microbiote de "188 membres du peuple Hadza" parmi l'ensemble de ceux vivant encore près du lac Eyasi dans la vallée du Rift en Tanzanie. 

Cette population a encore un mode de vie très traditionnel de chasseurs-cueilleurs, évitant presque l'agriculture pour vivre essentiellement de la chasse et de la cueillette. 

En 2014, des anthropologues ont constaté que beaucoup de Hadza abritaient une population bactérienne intestinale bien plus variée que celle des Occidentaux modernes (et l'étude a montré au passage que les Hadza ne souffrent ni de cancer du côlon, ni de colite ni de la maladie de Crohn). Les bactéries intestinales des Hadza semblaient aussi s'être spécialisées dans la réduction et digestion de leur alimentation riche en fibres. L'alimentation des Hadza varie fortement selon les saisons : en saison humide, les baies et le miel dominent, alors que la viande (phacochère, antilope et girafe notamment) domine en saison sèche, mais certains tubercules ou fruits (celui du baobab par exemple) sont consommés toute l'année. 

Les analyses ARN (matériel génétique) de leur microbiote intestinal ont montré que sa biodiversité augmente beaucoup en saison sèche (par rapport à celle de la saison des pluies) avec des bactéries du genre Bacteroides alors particulièrement abondantes. 

C'est l'une des premières études qui prouve un cycle saisonnier dans le microbiome humain !

Aristote disait : "Le tout est plus que la somme de ses parties "

Nous sommes potentiellement des "Holobiontes" qui signifie "Holos" -> "Le tout, l'ensemble" et "Bionte" -> "La vie"

Des partenariats essentiels  🤝

En réalité quand on regarde nos besoins, notre morphologie, nos fonctionnements métaboliques... on se rend compte que l'ensemble des ces actions ne pourraient être réalisées sans notre partenariat micro-organique présent dans l'ensemble de notre corps. 

Par exemple la digestion ne pourrait se réaliser complètement sans nos chères bactéries, notre respiration non plus... Bref nous sommes la somme d'un tout et c'est finalement bien comme ça !

Et oui en réalité nous sommes toujours plusieurs, voir même nombreux, même si je suis seul (en présence) chez moi, je suis accompagné de mes milliers de partenaires de vie !

Dans l'exemple des tribus de chasseurs-cueilleurs, on remarque bien l'apport mutualiste qui a lieu entre l'hôte et ses partenaires, l'un effectue des actions permettant l'accès à l'alimentation, à l'eau et autres... Tandis que les autres récupèrent les denrées et les transforment afin de les rendre assimilable au tout ! 

Chacun se nourri, prospère et s'entraide !

L'idée de la fluctuation est importante à comprendre aussi, l'avantage d'une alimentation basée sur les saisons naturelles et qu'elle se composera de ce qui est présent à ce moment là, les efforts à fournir pour récupérer sa nourriture, son eau ... joueront un rôle important aussi dans le métabolisme et la régulation des phénomènes du corps ainsi que la santé physique, psychique et émotionnelle...

Tout est imbriqué dans le tout encore plus grand... Nous vivons dans un grand tout dont nous sommes nous aussi les micro-organismes en quelques sortes... (je vous laisse y réfléchir).

Prendre conscience des liens plus vastes existants  🌌

Au delà de l'intérêt santé que nous apporte notre microbiote, il est important de savoir que ce même groupement d'êtres est tout à fait adapté aux fondamentaux du vivant, car il en fait partie lui-même partie. 

Pour étayer le sujet, plus notre vie va être en lien avec la saisonnalité, la terre, le climat, les températures naturelles extérieures, les végétaux, les animaux... (tout se qui comprend le vivant) ; plus notre microbiote va se retrouvé diversifié lui aussi et changeant ! 

Vous remarquerez très souvent, que la nature et le vivant ont eux aussi pour recherche, l'équilibre. 

La vie spontanée et naturelle dans un lieu donné, s'orientant souvent vers plus de densité, plus de diversité, plus de captation des énergies produites par le soleil, l'eau... 

Cela engendre un ensemble de fonctionnement primordiaux, qui, si nous nous en inspirons (biomimétisme), participent à créer en nous et à l’extérieur de nous, des structures équilibrées et épanouissantes.

La vie est bien faite, car beaucoup d'actes inspirés par la nature vivante (l'aidant ainsi à prospérer et grandir), nous rapproche d'une santé et d'un équilibre de vie satisfaisant (car nous sommes nous aussi le vivant).

Des points communs sur la santé   🙂‍↕️

Pour terminer, parlons des effets de nos habitudes alimentaires sur notre santé et notre microbiote, tels que pour le régime Crétois et le régime d'Okinawa. 

Tous deux participent potentiellement sur le moyen et long terme, à accroitre la durée de vie et améliorer l'état de santé de ceux qui les pratiquent (combinés à d'autres activités bien-sûr).

Ils sont tous deux composés 

• d'aliments diversifiés

• pauvres en viandes

• moyennement riches en poissons (en partie fermentés)

• pauvres en laitages

• riches en aliments anti-oxydant

• riches en graisses mono-insaturées, poly-insaturées

• très riches en légumes et légumineuses (souvent fermentés)

• riches en fruits

Bien-sûr le résultat dépendant toujours d'un ensemble de facteurs (multifactoriel), cela ne fait pas tout, et chacun y réagira plus ou moins positivement. 

Le microbiote peut induire certaines sensations, pensées et besoins, tandis que nos actes peuvent induire à leur tour notre microbiote... Nous sommes liés...

Les adeptes des régimes alimentaires dans la lignée d'Okinawa et celui Crétois, sont t'ils conscient de l'importance et des effets complet de ces régimes, ou bien continuent ils de les pratiquer car leur microbiote le leur demande ...? (Je vous laisse y réfléchir !)

La suite c'est à chacun de nous de le vivre, à travers des aventures, des histoires, qui se construisent au faire et à mesure des décisions, actions, orientations que nous prenons, prendrons...

Microscopiquement vôtre !  🦠